以前、Google App Engineにdeployできなくなった...というのを書きましたが、これは、Google App Engine for Javaなのですが、Google App Engine for Pythonでも、先程この症状が出ました。
とりあえず、以下のコマンドで、解決。
>appcfg.py -verbose --no_cookies --email=xxx@gmail.com --passin rollback d:\nantoka
PyDevあたりをいれているを右クリックで解決されるとか。